Rektorati është grup drejtues i universitetit, përgjegjës për aktivitetet dhe detyrat që nuk janë pjesë e organeve të tjera drejtuese. Rektorati informon Senatin dhe Asamblenë e Personelit Akademik për të gjitha çështjet që kanë të bëjnë me të tashmen dhe të ardhmen e zhvillimit të UniBa.
Rektorati si  organ kolegjial drejtohet nga Rektori dhe përbëhet nga:

• Rektori
• Zëvendësrektori për Çështjet Akademike
• Zëvendësrektori për Kërkim Shkencor dhe Novacion
• Zëvendësrektori për Çështjet Studentore dhe Komunitetin
• Administratori i institucionit
• Drejtuesit e njësive kryesore

Krahas funksioneve të parashikuara në legjislacionin në fuqi, Rektorati ka edhe funksione si hartimin e planit strategjik të zhvillimit të institucionit, mbështetur në propozimet e bëra nga njësitë bazë dhe kryesore të institucionit si dhe ato të administratorëve; harton planin vjetor të veprimtarive akademike e kërkimore dhe ndjek zbatueshmërinë e tyre pas miratimit nga Senati; harton raportin e detajuar vjetor të institucionit dhe e dërgon për miratim në Senat; harton paraprakisht planet dhe programet mësimore të njësive bazë që aprovohen në Senat; propozon Bordit të Administrimit përmes Administratorit projekt buxhetin një vjeçar në përputhje me strategjinë afatmesme të institucionit.